Esse o processo pelo qual um habitat de grande extensão contínua tem sua área reduzida pela divisão em dois ou mais fragmentos, que frequentemente ficam isolados uns dos outros por uma paisagem modificada ou degradada. Situação que pode ser descrita pelo modelo de Biogeografia de Ilhas.
A diminuição do habitat disponível para as espécies climáxicas de uma reserva pode ser derivada diretamente da implantação de atividades humanas de infraestrutura como ferrovias, estradas ou rodovias, que, apesar de ocuparem ppequena área relativa à área total do habitat, aumentam consideravelmente o perímetro de borda, ocasionando todos os efeitos negativos da exposição à condições ecológicas desfavoráveis.
A fragmentaçãao de habitat representa uma enorme ameaça a conservação da biodiversidade uma vez que pode limitar o potencial de alimentação, dispersão e colonização. Quando isso ocorre plantas com frutos carnosos ou com sementes aderentes, que dependem dos animais para dispersá-las também serão afetadas. Desta forma fragmentos isolados podem nunca serem colonizados por espécies nativas com potencial para viverem ali, diminuindo a diversidade biológica do habitat.
Pode diminuir a variabilidade genética das espécies ao dividir uma população existente em larga escala em duas ou mais subpopulações, precipitando o declínio e extinção pela exposição de animais selvagens às doenças de animais e plantas domésticas.
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